Cechą charakterystyczną kościołów katolickich jest prezbiterium, miejsce najbardziej reprezentacyjne i godne czci w całej świątyni, w nim stoi ołtarz – stół ofiarny, często tabernakulum. Ponieważ kościół p. w. Najświętszego Serca Jezusowego budowany był jako ewangelicki, nie miał prezbiterium, ks. Antoni Kamiński, korzystając z dogodnej architektury, o czy już wspomniano powyżej, dobudował nową zakrystię, a na miejscu starej urządził prezbiterium.

Ołtarz główny

Ołtarz główny jest to drewniany ołtarz dwukondygnacyjny powstały w II połowie XVIII w., ma wymiary: 800x320 cm, ozdobiony polichromią, częściowo złocony i srebrzony. Nad prostokątną menzą o wolutowych podporach znajduje się dwukondygnacyjna nadstawa. Między kolumnami korynckimi podtrzymującymi gzyms, na którym jest zwieńczenia w formie glorii, umieszczony jest obraz o wymiarach 130x90 cm w ramie zamkniętej od góry łukiem o formie trójliścia, ozdobionej ornamentem z liści akantu i kratkami regencyjnymi. Rama jest zwieńczona kartuszem z tarczą słoneczną, z hebrajskim napisem JAHWE.

Obraz przedstawia Chrystusa z aureolą wokół głowy, pogrążonego w modlitwie odzianego w ciemnoróżową szatę i ciemnobłękitny płaszcz. Klęczącą, wspartą o kamień postać wyłania z ciemności płynący z nieba snop światła, w który jest wpatrzona. W tle, po prawej stronie widać pogrążone w mroku sylwetki śpiących trzech apostołów. W lewym dolnym rogu znajduje się sygnatura: J. MOGK nach H. Hofman. Dresden. Według konserwatorów dzieł sztuki jest to kopia obrazu XVIII – wiecznego malarza Hofmana, wykonana w Dreźnie w drugiej połowie XIX w. Domyślamy się więc, że to drugi obraz na tym ołtarzu, o losach i wyglądzie pierwszego nie mamy żadnej informacji.

Po bokach ołtarza, obok kolumn stoją dwie figury: św. Pawła – z lewej i św. Jana Ewangelisty – z prawej strony. Figura św. Pawła ma wymiary 130x80 cm, przedstawia apostoła w postawie kontrapostowej: prawa noga zgięta, wysunięta do przodu wspiera się na małym stopniu, a lewa ręka, zgięta w łokciu wzniesiona jest ku górze. W prawej, opuszczonej ręce trzyma miecz oparty o ziemię. Głowa okolona kędzierzawymi włosami i brodą przechyla się na lewe ramię. Święty Paweł odziany jest w długą szatę ozdobioną szerokim wycięciem przy szyi i ma płaszcz przewiązany przez lewe ramię.

Figura św. Jana Ewangelisty ma wymiary 140x60 cm, umieszczona jest z prawej strony ołtarza. Św. Jan stoi na lekko rozstawionych nogach, w prawej ręce trzyma kielich, lewą ma złożoną na sercu. Twarz bez zarostu, włosy długie, falowane. Ubrany jest w długą, mocno pofałdowaną szatę. Przez prawe ramię ma przerzucony płaszcz. Obydwie postacie są pomalowane na biało, jedynie brzegi płaszcza, oczy i atrybuty świętych – złocone.

Nad kolumnami umieszczone są dwie wazy z inicjałami: G I R – z lewej strony i S I C – z prawej strony. Nie wiadomo, co inicjały to oznaczają.

Nad gzymsem rozpoczyna się wysokie na ok. 200 cm, bogate zwieńczenie – na błękitnym tle wyróżniają się białe figurki i obłoki orz złocone detale. Na gzymsie z prawej strony, między wazonami z monogramami, znajduje się personifikacja modlącego się Kościoła – klęcząca kobieta ze złożonymi modlitewnie rękami, uniesionymi w górę. Spogląda na wychylającego się z obłoków aniołka, w postaci pulchnego dziecka ze skrzydełkami, który podaje kobiecie kielich i koronę. Za nim w okręgu z chmur symbol Trójcy Świętej – trójkąt otoczony rozchodzącymi się z obłoków promieniami.

Ołtarz pierwotnie był marmoryzowany, obecnie, po remontach w latach 70 – tych pomalowany jest farba olejna koloru kości słoniowej. Posiada wyróżniające się z błękitnego tła złocone i posrebrzane detale. Choć jest w dobrym stanie, to by powrócić do pierwotnej marmoryzacji konieczne są bardzo kosztowne i żmudne prace. 

Pozostałe elementy wyposażenia prezbiterium

Obecnie w kościele znajduje się ołtarz z szarego granitu, zaprojektowany i wykonany za życia ks. Kamińskiego, ale ustawiony już przez Jego następcę – ks. Józefa Steca. Kamienny ołtarz – stół ofiarny ma nowoczesną prostą formę.

Jako krzyż ołtarzowy służy stary krzyż procesyjny z kościoła Św. Marcina. Krzyż ma wysokość 240 cm, pochodzi z połowy XVIII w., umieszczony jest we współczesnym stojaku, naśladującym formy barokowe świecznika przy chrzcielnicy. W górnej partii trzon krzyża w formie spirali, ozdobionej rzeźbionym ornamentem w postaci wici z winnymi gronami – złocony. Wyżej, na marmoryzowanym w jasnoszarym kolorze krzyżu o ramionach w formie trójliścia, odbija się złocona figura ukrzyżowanego Chrystusa. Nad nią umieszczona jest banderola z napisem INRI, a na górze w ramionach krzyża – uskrzydlone główki aniołków. Główki aniołków i banderola są złocone.

Na ołtarzu głównym obecnie jest tabernakulum. Pierwotnie, gdy był to kościół ewangelicki, na ołtarzu leżała otwarta Biblia, a przed ołtarzem stała chrzcielnica. Gdy w roku 1946 kościół przejęli katolicy, na ołtarzu ustawiono tabernakulum, początkowo drewniane, później była to niewielka metalowa szafa pancerna.

Obecne tabernakulum o wymiarach: 50 x 50 x 40 cm zostało wykonane na pamiątkę peregrynacji obrazu Matki Bożej Częstochowskiej w czerwcu 1993 r., przez metaloplastyka Góraka z Wrocławia. Ozdoby na tabernakulum są wzorowane na elementach dekoracyjnych z dolnych partii starego ołtarza głównego.

Jak we wszystkich starych kościołach katolickich, przed tabernakulum wisi lampa wieczna. Obecna lampa mosiężna o wymiarach 30 x 35 cm powstała w II połowie XIX w. i została umieszczona przed ołtarzem główny w roku 1992. 

Obrazy: Chrystus Dobry Pasterz, Św. Juda Tadeusz i Św. Jan Nepomucen

Na ścianie, obok ołtarza głównego wiszą dwa duże obrazy przeniesione tu z kościoła św. Marcina: po prawej stronie obraz św. Judy Tadeusza, po lewej św. Jana Nepomucena.

Obraz św. Judy Tadeusza w wymiarach 152 x 100 cm pochodzi z połowy XVIII wieku i był pierwotnym obrazem z ołtarza głównego w kościele św. Marcina. Święty w okazałych szatach, prawą ręką opiera się na maczudze, lewą wskazuje na aniołki trzymające owalny portret Chrystusa. Jeden aniołek podaje świętemu liść palmy, a inny unosi się nad głową świętego z zielonym wińcem.

Obraz św. Jana Nepomucena ma wymiary 145 x 87 cm i był pierwotnym obrazem ołtarza bocznego w kościele św. Marcina. Obraz ten przedstawia świętego ubranego w sutannę i komżę, na ramionach ma zarzuconą krótką, futrzaną pelerynę, spod niej wystaje stuła. W prawej ręce trzyma krzyż, w lewej liść palmy. Głowę świętego otacza nimb z pięciu gwiazd. W tle, za mgłą widać wieloprzęsłowy most i widok Pragi.

W bocznej wnęce umieszczony jest obraz Chrystusa Dobrego Pasterza. Został on wykonany jako drugi obraz do ołtarza głównego, tematycznie nawiązujący do tytułu kościoła. Obraz ten namalował w r. 1972 na płycie pilśniowej Vlastimil Hoffman ze Szklarskiej Poręby, na zamówienie ks. A. Kamińskiego. Ma wymiary 130 x 90 cm, przedstawia Chrystusa Dobrego Pasterza z laską pasterską w ręce, ubranego w szaty koloru czerwonego i częściowo skóry owiec, który drugą dłonią odsłania szaty na piersi, aby ukazać swoje Serce. W tle widać panoramę Karkonoszy, a bliżej można rozpoznać wieżę kościoła św. Marcina. Za postacią Chrystusa podąża wiele owiec.

W prezbiterium znajdują się jeszcze obrazy Świętego Antoniego Padewskiego i Śmierć Św. Jadwigi. Trzeci obraz został namalowany w roku 1998 przez Witalisa  Sadowskiego i przedstawia św. Stanisława Kostkę – patrona młodzieży polskiej. Dzień św. Stanisława obchodzony jest szczególnie w parafii św. Marcina, za względu na posiadane relikwie tego Świętego. Zostały one prawdopodobnie przywiezione z Kresów Wschodnich przez pierwszego po II wojnie polskiego księdza – Franciszka Marszał – Olszowskiego. Relikwie te znajdują się w srebrnym relikwiarzu w formie monstrancji z polskimi napisami. Ww. obraz służy do dekoracji na dzień św. Stanisława Kostki.

Marmurowa posadzka prezbiterium została ułożona w latach 80-tych. Aby scalić prezbiterium z resztą kościoła profesor Koschembar – Łyskowski zaproponował w 1994 r. wykończenie jego ścian boazerią o kształcie podobnym do empor nawy głównej. Boazerię wykonano według projektu mgr Krzysztofa Kurka w roku 1995.